Вся история началась тогда, когда Лайм (Liam Howlet) встретил Кейта Флинта на одной из уличных рэйвовых тусовок. Музыка, которую играл Лайм очень понравилась Кейту, и он попросил записать кассету, в которую были включены четыре песни, написанные Лаймом. Кейт и Лерой (Leeroy Thornhill), которые были знакомы с недавнего времени, попробывали покрутить эту кассету на одной вечеринке и им показалось, что звучит она совсем неплохо и, встретив Лайма в следующий раз, попросили поиграть его собственные композиции, а сами танцевали под его музыку. Так и появилась The Prodigy. Название было взято с первого синтезатора, который приобрёл Лайм-"The Moog Prodigy ". Когда они сыграли свой первый концерт, Лайм почувствовал, что им нужен МС. И тогда, через общих знакомых, он находит Максима (Maxim Reality), который был ведущем на концертах рэгги. Уже через несколько дней, после того, как Максим впервые побывал на концерте Prodigy , о попросил участников группы взять его в команду. В 1990 году Лайм, в секрете от остальных участников, связался с XL recordings, так как не был уверен, как остальные отнесуться к его поступку.

Они стали играть NON STOP и выпустили свой первый сингл-"What Evil Lurks", который был продан в количестве 7000 экземпляров. После этого появился "Charly". Спустя месяц, вокруг этого альбома поднялся большой гул, это была одна из самых тяжёлых версий ("Aley Cat Mix"), которая их сделала по-настоящему популярными в мире рэйва. Сначала песня бала издана в Августе 1991 года в Британии. Пред-заказ был велик и результатом стал взлёт "Charly" на 3 место в национальных чартах. После четвёртого сингла "Fire" они выпустили свой первый альбом-"The Prodigy Experience". И вскоре, уже в 1993 году Лайм начинает работу над следующим альбомом.

Никто не мог даже вообразить успех, который встретил этот альбом Prodigy -"Music For The Gilted Generation". Он сразу поднялся на первое место в чартах и был продан тиражом в 1 миллион копий. Тогда, в 1994 году, Prodigy учавствовали в шоу каждые четыре дня. Концерты шли по всему миру, и группа выйграла Best Dance Act на MTV. Все четыре сингла с альбома вошли в список 15 песен и сделали группу ещё более знаменитой. И вот, в 1997 году, появляется их третий альбом-"The Fat Of The Land", в который вошли "Breathe" и "Firestarter". Обе песни содержат вокал Кейта, а в "Breathe" также подпевал Максим. В "Fuel my Fire" и "Serial Trilla" также поёт Кейт, а "Mindfields"-Максим. В этом альбоме удачно смешаны dance-музыка и рок. В целом, альбом сделан в их обычном стиле, и команда не собирается погружаться в рок или играть панк. Они по-прежнему остаются танцевальной группой.